Im Juni 2003 erhielt Dr. rer. nat. Brunhilde Wirth – aus dem Institut für Humangenetik, Bonn - den Ruf auf die C4-Professur für Humangenetik und gründete ein neues Institut für Humangenetik an der Uniklinik Köln. Die Einrichtung nahm den Betrieb im Mai 2004 mit 23 Mitarbeitern aufgenommen. Im Dez. 2004 wurde Dr. Christian Kubisch aus dem Institut für Humangenetik, Bonn auf die W2-Professur für Medizinische Genetik im Institut berufen. Er leitete die Klinische Genetik bis Aug. 2010, als er nach Ulm wechselte, um Direktor des Instituts für Humangenetik zu werden. Im Aug. 2012 übernahm der ZMMK-Arbeitsgruppenleiter, Dr. Bernd Wollnik die Professur für Medizinische Genetik am Institut. Prof. Bernd Wollnik leitete zusätzlich das von ihm neu gegründete Zentrum für Seltene Erkrankungen an der Uniklinik Köln. Im Sept. 2015 wurde Prof. Bernd Wollnik Direktor des Instituts für Humangenetik der Universität Göttingen. Im Herbst 2016 entschied die Medizinische Fakultät die vorhandene W2-Professur in eine W3-Professur für Klinische Genomik aufzuwerten. Prof. Dr. Christian Patrick Schaaf vom Baylor College of Medicine aus Houston, Texas, USA erhielt den Ruf auf diese Professur und wechselte nach Köln im März 2018 nach Köln. Prof. Schaaf wurde zugleich Leiter der Krankenversorgung am Institut für Humangenetik. Bereits im April 2019 wechselte Christian P. Schaaf an die Universität Heidelberg und wurde dort Direktor des Institutes für Humangenetik. Im selben Monat übernimmt Prof. Dr. Christian Netzer die Leitung der Krankenversorgung im Institut und im Jahr 2020 die Professur für Klinische Genetik. Im Februar 2026 ging Prof. Dr. rer. nat. Brunhilde Wirth in den Ruhestand.

Tätigkeitsschwerpunkte des Instituts sind die Forschung, Lehre, molekulargenetische Diagnostik und humangenetische Patientenversorgung. Die sechs Arbeitsgruppen des Instituts erforschen mit modernsten Methoden in nationalen und internationalen Verbünden die Ursachen genetisch bedingter Erkrankungen. Die Schwerpunkte verändern sich stetig und sind aktuell insbesondere Nierenerkrankungen, neurologische Erkrankungen, die mitochondriale Dynamik während der Zellteilung sowie ungeklärte Syndrome.

Alle wissenschaftlichen Mitarbeiter beteiligen sich an der Lehre. Mit viel Spaß versuchen wir, den Studierenden in der Medizin und der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät die Humangenetik als übergreifendes und zukunftsrelevantes Fach zu vermitteln.

Das Institut ist ein wichtiger Partner im Zentrum für Seltene Erkrankungen (CESEK) in Köln und mit mehreren B-Zentren vertreten. Seit 2009 erfolgt ein Teil der humangenetischen Leistungen in Kooperation mit dem MVZ der Uniklinik Köln unter der Leitung von Prof. Dr. Christian Netzer.

Das Institut verfügt in Kooperation mit dem MVZ Humangenetik Köln über eine volle Weiterbildungsermächtigung zum Facharzt für Humangenetik und zum Fachhumangenetiker (GfH).